La solución definitiva es borrarlo, fulminarlo de nuestro sistema. Es tan malo que hasta a Steve Jobs no le gustaba. Las páginas que no soporten HTML5 tendrán que ir adaptándose o quedarse en el camino. Las noticias sobre vulnerabilidades de seguridad sin parche disponible son norma incluso a día de hoy, comprometiendo la seguridad de gran cantidad de usuarios.
Hace tiempo escribí un artículo sobre cómo instalar los plugins correspondientes para tener soporte Flash en Iceweasel (Firefox) y Chromium en Debian. Si no queda otra y no hay alternativa, diría que incluso lo mejor sería crear una máquina virtual en la que instalar esos plugins y tirar de esa ella cuando fuera estrictamente necesario sin ensuciar nuestro sistema principal.
También podríamos deshabilitar el plugin a nivel de navegador y sólo activarlo de manera temporal. En Iceweasel/Firefox basta con introducir en la barra de navegación about:addons y seleccionar la opción que deseamos para el plugin de Flash:
Para Chromium en la barra de navegación introduce chrome://plugins y realiza lo propio, no tiene pérdida:
Aunque lo ideal es liberarte de Flash y alplicarle un purge correctivo:
aptitude purge flashplugin-nonfree pepperflashplugin-nonfree
Y que viva HTML5.